会社員（正社員だけなく契約社員、パート、アルバイトなども含む）として働いている方に課税される所得税は、簡潔に表現すると次のような手順で算出します。
（A）1～12月に支払われた給与の合計額－給与所得控除（年収によっては「所得金額調整控除」が上乗せされる）＝給与所得
（B）給与所得－所得控除（障害者控除、扶養控除、社会保険料控除、配偶者特別控除など全部で15種類）の合計額=課税所得
（C）課税所得×税率（課税所得の金額に応じて5～45％）－税額控除（住宅ローン控除など）の合計額＝所得税
このように各人に課税される所得税は、1～12月に支払われた給与の合計額を元にして算出するため、年内最後の12月分の給与が支払われるまで、正確な金額はわかりません。
そこで勤務先は1月以降に支払う給与から、概算額の所得税を控除していきます。
また12月分の給与の支払いが終わり、1～12月に支払われた給与の合計額が確定したら、正確な金額の所得税を算出するのです。
この正確な金額の所得税と、1月以降の給与から控除した概算額の所得税の合計を比較し、前者の方が多かったら追加で控除し、後者の方が多かったら還付するというのが、いわゆる年末調整になるのです。
年末調整が終わった後に勤務先は、この時に算出したデータを各従業員が住んでいる市区町村に送ります。
これを元にして市区町村は、翌年6月～翌々年5月の給与から控除される1年分の住民税を算出し、その結果を勤務先に通知するため、毎年6月から住民税の控除額が変わるのです。
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欠点1：親族のプライバシーが勤務先に伝わる
例えば扶養する親族が一定の障害状態にある場合、（B）に記載した障害者控除を受けられるため、その分だけ所得税や住民税が安くなるのです。
ただ障害者控除を受けるためには、親族の名前や障害状態などを、勤務先に提出する書類に記入する必要があるのです。
また勤務先によっては障害の程度を確認するため、障害者手帳のコピーの添付を求める場合があります。
これらによって親族の障害状態などが勤務先に伝わるため、抵抗を感じる方がいると思います。
その他に16歳以上の子供が無職の場合、扶養する親が（B）に記載した扶養控除を受けられる場合があります。
また子供が納付する必要のある国民年金の保険料を、同居する親が代わりに納付した場合、（B）に記載した社会保険料控除を親が受けられます。
ただ両者の控除を受けるためには、子供の所得などを勤務先に提出する書類に記入すると共に、「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」を添付する必要があるのです。
これによって子供が無職であることが勤務先に伝わるため、抵抗を感じる方がいるかもしれません。
このように親族のプライバシーが勤務先に伝わってしまう点は、年末調整の欠点のひとつだと思います。
欠点2：書類をきちんと記入しても間違えてしまう場合がある
例えばパートとして働く妻が、1～10月までに受け取った給与と、11～12月に受け取る予定の給与を合計したら、年収が103万円超201万円以下だったとします。
これに加えて夫の年収が1,220万円以下だった場合、（B）に記載した配偶者特別控除を受けられるため、夫は勤務先に提出する書類に、配偶者特別控除の金額を記入すると思います。
しかし妻の仕事が11～12月に忙しくなり、年収が201万円を超えると、夫は配偶者特別控除を受けられなくなります。
また夫が受けられる配偶者特別控除は、妻の年収によって金額が変わるため、11～12月の給与が予定よりも多くなった時には、書類に記入した金額と、実際に受けられる金額が、一致しなくなる場合があるのです。
その他に年末調整が終わった後の12月下旬に結婚したため、配偶者特別控除を受けるために必要な情報を、年末調整の書類に記入できない場合があります。
このように書類をきちんと記入しても、受けられる所得控除の種類や金額を、間違えてしまう場合があるというのも、年末調整の欠点のひとつだと思います。
マイナンバーカードを使った確定申告で年末調整の欠点を補う
勤務先に親族の障害状態などを知られたくなったため、年末調整で障害者控除を受けない方がいたとします。
こういった方が翌年に自分で確定申告を行い、このタイミングで障害者控除を受けると、その分の所得税が還付されると共に、住民税が安くなるのです。
また受けられる所得控除の種類や金額を間違えてしまった方は、翌年に自分で確定申告を行うと、間違った部分を訂正できるのです。
マイナンバーカードを使ってe-Taxで確定申告を行う場合、画面の案内に従って入力すると、税額などが自動計算されるため、手書きよりも簡単に書類を作成できます。
最近はスマホのカメラで、年末調整の後に勤務先から渡される「給与所得の源泉徴収票」を撮影すると、この中の金額などが自動入力されるため、更に便利になりました。
また自宅からパソコンやスマホなどで手続きができるため、税務署まで足を運ぶ必要がないのです。
こういった理由によりマイナンバーカードは、年末調整の2つの欠点を補えると思います。
なお税務署は市区町村に対して、確定申告のデータを送るため、翌年6月以降の給与から控除される住民税を、勤務先に通知する時の書類には、障害者控除に関する情報も記載されます。
ただ障害者控除の対象になった親族の名前や、その方の障害状態までは記載されていないため、勤務先に伝わる情報は年末調整より少ないのです。
また給与計算の担当者にとって重要なのは、給与から控除する住民税の金額になるため、どの所得控除を受けたかまでは、チェックしていない場合が多いのです。
それでも心配という方は翌々年5月に、1年分の住民税の控除が終わったタイミングで確定申告を行い、所得税だけでなく住民税の還付も受けると、勤務先に伝わるリスクが更に低下します。（執筆者：社会保険労務士 木村 公司）
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