スカイマークは8月20日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴う、9月の国内線の運航計画を発表した。
20路線の計2,333便を運休・減便し、経由便を除くと1日あたり18〜20路線の72〜110便を運航する。これにより、期間中の減便率は49.4%となる。
期間中すべての日、もしくは一部の日に全便が運休となるのは、東京/羽田〜長崎線(神戸経由)、茨城〜福岡・沖縄/那覇線、東京/成田〜名古屋/中部線。福岡〜札幌/千歳線は通常運航する。
運休便の利用者には全額払い戻しや振り替え、減便対象便は前後便へ振り替え、希望により別便への変更や払い戻しを案内する。