ジェットスター・ジャパンは、東京/成田〜庄内線と大阪/関西〜高知線を、冬スケジュールより運休する。
東京/成田〜庄内線は、2019年8月2日に両空港を結ぶ初の格安航空会社（LCC）の路線として就航。当初は7〜8割程度の利用があったものの、冬期の利用は低迷し、さらに新型コロナウイルスの感染拡大が追い打ちをかけた。7月23日より運航を再開したものの、需要が戻らない状況が続いているという。
大阪/関西〜高知線は、2018年12月に、東京/成田〜高知線と同時開設。利用状況が低迷していることから、5月11日から運休しており、冬スケジュール期間中も運休を継続する。
また、東京/成田〜下地島線は12月25日から1月3日まで、大阪/関西〜下地島線は12月24日から1月3日までの年末年始期間中のみの運航とする。下地島には、スカイマークが東京/羽田・神戸・沖縄/那覇を発着する路線を10月25日に開設すると発表しており、首都圏や関西からのアクセスは確保される。
この他に、名古屋/中部〜札幌/千歳・鹿児島線と大阪/関西〜札幌/千歳・福岡・熊本・沖縄/那覇線の冬スケジュール期間中の航空券の販売はまだ行っておらず、「需要に応じた、最適な運航規模にする」（ジェットスター・ジャパン広報担当者）と、運航体制の見直しを示唆している。また、パイロットと客室乗務員の約600人を対象とした、希望退職の募集を開始している。
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