バニラエアは、東京/成田〜函館線の運航を終了した。
東京/成田〜函館線は2017年2月19日に開設し、バニラエアが国内の格安航空会社（LCC）として唯一就航していた。季節定期便として大阪/関西〜函館線も運航していた。約2年1ヶ月間の運航便数は1,448便で、利用者数は201,175名、搭乗率は約77.2％だった。
最終便となる、東京/成田発JW953便には142名が搭乗。午後3時35分に出発し、午後5時7分に到着した。折り返し便の函館発JW954便には145名が搭乗。午後5時44分に出発し、午後7時23分に到着した。
井上慎一代表取締役社長は、「バニラエアとして、2017年2月より約2年間のサービスをご提供し、その間に20万人を超えるお客様にご搭乗いただきましたことへ感謝申し上げますとともに、空港ハンドリング業務をご担当頂きました委託先の皆様や函館空港をはじめといたします官公庁の皆様へ御礼を申し上げます。残念ながら、バニラエアとしては3月30日の運航で同路線が廃止となりますが、函館は魅力のある就航先であることに変わりはございません。弊社と2019年度末を目標に統合予定のPeachでは、新千歳空港を拠点空港とし、さらに昨年8月より釧路空港にも定期便を就航しております。引き続き地元自治体等と密接に連携し、新千歳、釧路に続く道内就航地点を、函館を含めてさらに検討してまいりたいと思っております。」とコメントした。
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