時間経過に伴う細菌相互作用の変化を推定する手法を開発
早稲田大学
本発表の詳細は、早稲田大学のホームページをご覧ください。
https://www.waseda.jp/top/news/73853
■発表のポイント
・これまでの手法は時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定できなかった。
・時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定する手法Umibatoを開発した。
・自然環境の生態系の解明や、近年急速に解明が進んでいるヒト常在菌叢の長期的な変化の追跡において活用が期待される。
■概要
早稲田大学大学院先進理工学研究科後期博士課程3年の細田 至温(ほそだ しおん)氏と、同大理工学術院の浜田 道昭(はまだ みちあき)教授らの研究グループは、時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定することができる手法Umibato (unsupervised learning-based microbial interaction inference method using Bayesian estimation)を開発しました。
これまで細菌相互作用を推定するために用いられていた手法は、細菌相互作用が時間に伴い変化しないことを前提としていたため、時間の経過に伴い細菌相互作用が変化していることを推定することができませんでした。今回開発した手法により、細菌叢の時系列データ解析においてこれまで見過ごされてきた細菌の関係性の変化を捉えることが可能になります。将来的には、自然環境の生態系の解明や、近年急速に解明が進んでいるヒト常在菌叢の長期的な変化の追跡において活用されることが期待されます。
本研究成果は、2021年7月末に開催される計算生物学のトップの国際会議であるISMB/ECCB2021の口頭発表に受理されました。論文はISMB/ECCB2021の予稿として2021年7月12日(月)(現地時間)に『Bioinformatics』に掲載されました。
■論文情報
雑誌名:Bioinformatics
論文名:Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model
DOI:10.1093/bioinformatics/btab287
イラン副大統領「ヘリ乗組員と連絡」 ライシ師ら安否は依然不明
菅井友香「好きになったらいっぱい写真撮っちゃいます」飼い猫写真は5万枚以上
大谷翔平が「2番」復帰 ベッツは「1番遊撃」でスタメン出場
北村匠海「映画クレヨンしんちゃん」出演に「感動」オズワルド伊藤は畠中とのセリフ量の差に…
何があった!?「エアコン」が想定外の壊れ具合!投稿者に話を聞いた
大谷翔平「お~いお茶グローバルアンバサダー」就任、茶畑の前に立つキービジュアル公開
【G大阪】ゴール後にボディービル?CB中谷進之介と福岡将太の得点で逆転勝利
【データ】今永昇太デビューから9試合に先発して無敗キープ 14年田中将大を上回る日本人最長
アーセナル逆転優勝ならず 最終戦勝利も2P届かず2位フィニッシュ フル出場冨安健洋は同点弾
今週 暑さの質が変わります カラッとした暑さから不快な蒸し暑さへ 熱中症に注意
何があった!?「エアコン」が想定外の壊れ具合!投稿者に話を聞いた
大谷翔平が不運な判定で2度見逃し三振 「えん罪退場」で話題の球審は引き揚げる大谷にブチギレ
玉置浩二の妻、青田典子(53)の現在がとんでもない事になっていると話題に
吉野家が「マスク外し強要疑惑」でプチ炎上、店員さんに聞いてみると……
マンション刺殺、被害者は19歳大学生の女性 大阪・枚方
元めちゃイケメンバーの三中元克(32)現在は何をしているのか調べてみた!
藤田ニコル「脱ぐ予定なかったのですが気づいたらノリノリで…」ヒョウ柄水着姿に大反響
3度逮捕の38歳小向美奈子「今はやってないですよね?」の直撃質問に”回答”
ユーチューバーもこう氏、元彼女・成海瑠奈について赤裸々告白
ガーシーが綾野剛のLINE公開でネット騒然「ショック」「すごいエンタメ」
何があった!?「エアコン」が想定外の壊れ具合!投稿者に話を聞いた
岡本夏生(56)、1600日ぶりにブログを更新した現在が衝撃
玉置浩二の妻、青田典子(53)の現在がとんでもない事になっていると話題に
ユーチューバーもこう氏、元彼女・成海瑠奈について赤裸々告白
ヒカル、浮気相手とのLINE流出にドン引きの声「キモすぎる」「吐きそう」
元めちゃイケメンバーの三中元克(32)現在は何をしているのか調べてみた!
ガーシー、またも綾野剛の暴露写真でネット歓喜「この写真見て笑っちゃう」
完全にダマされた! 『ラヴィット!』あのちゃん“事故レベル”大暴走は『水ダウ』遠隔操作のしわざだった ネットも納得
大谷翔平が不運な判定で2度見逃し三振 「えん罪退場」で話題の球審は引き揚げる大谷にブチギレ
ガーシーが綾野剛のLINE公開でネット騒然「ショック」「すごいエンタメ」
イラン副大統領「ヘリ乗組員と連絡」 ライシ師ら安否は依然不明
菅井友香「好きになったらいっぱい写真撮っちゃいます」飼い猫写真は5万枚以上
大谷翔平が「2番」復帰 ベッツは「1番遊撃」でスタメン出場
北村匠海「映画クレヨンしんちゃん」出演に「感動」オズワルド伊藤は畠中とのセリフ量の差に…
【データ】今永昇太デビューから9試合に先発して無敗キープ 14年田中将大を上回る日本人最長
大谷翔平「お~いお茶グローバルアンバサダー」就任、茶畑の前に立つキービジュアル公開
アーセナル逆転優勝ならず 最終戦勝利も2P届かず2位フィニッシュ フル出場冨安健洋は同点弾
【G大阪】ゴール後にボディービル?CB中谷進之介と福岡将太の得点で逆転勝利
今週 暑さの質が変わります カラッとした暑さから不快な蒸し暑さへ 熱中症に注意
マンチェスターC、プレミア史上初の4連覇達成 今季の最優秀選手フォーデンが前半に2ゴール