「はやぶさ」の特急料金は、大人普通車指定席・通常期で東京~新函館北斗駅間は11,130 円、仙台~新函館北斗駅間は8,880円、盛岡~新函館北斗駅間7,040円となる。特急料金は東北新幹線と北海道新幹線の特急料金を合算したものとなる。なお、指定席特急料金は全区間を通して1席分の座席指定料金となる。
グリーン料金とグランクラス料金も同様で両新幹線の料金合算となり、東京〜新函館北斗駅間ではグリーン料金は7,890円、グランクラス料金は16,110円となる。
運賃は11,560円で、特急料金、グリーン料金、グランクラス料金を加える必要があり、東京〜新函館北斗駅間は運賃を含めると普通車指定席は22,690円、グリーン車は30,060円、グランクラスは38,280円となる。
JR北海道が国土交通大臣に認可申請を行っており、認可後に設定を行う。