全日本空輸(ANA)や日本航空(JAL)、スカイマークなどの航空各社は、政府の緊急事態宣言が1都3県で延長されたことを受け、東京/羽田・東京/成田の各空港発着路線で特別対応を実施する。
いずれも3月21日搭乗分までが対象で、東京/羽田・東京/成田発着便の変更や払い戻しを無手数料で取り扱う。ツアーなどの航空券も対象だが、詳細な取り扱いは航空会社や旅行会社に確認する必要がある。
AIRDO(エア・ドゥ)、ソラシドエア、スターフライヤーも同様の取り扱いを行うことを決めている。