スカイマークは11月12日、新型コロナウイルスの感染拡大に伴う、12月1日から2021年1月12日までの運航計画を発表した。
12月1日から22日にかけて、4路線の計133便を減便する。12月23日から2021年1月12日までの年末年始期間は通常運航する。減便対象路線は、東京/羽田〜鹿児島線、福岡〜沖縄/那覇線、東京/羽田・長崎〜神戸線。
運休便の利用者には全額払い戻しや振り替え、減便対象便は前後便へ振り替え、希望により別便への変更や払い戻しを案内する。