スカイマークは6月11日、新型コロナウイルスの感染拡大を受け、6月19日から30日までの国内線で運休や減便を行うことを発表した。
対象路線は、東京/羽田〜札幌/千歳・神戸・福岡・長崎(神戸経由)・鹿児島・沖縄/那覇線、札幌/千歳~茨城・名古屋/中部・神戸線、仙台~神戸線、茨城~神戸線、名古屋/中部~東京/成田・鹿児島・沖縄/那覇線、神戸~長崎・鹿児島・沖縄/那覇線、福岡~沖縄/那覇線、鹿児島~奄美線。経由便を除く18路線、822便が減便となる。
これにより、期間中の運航便は20路線1,070便、運休・減便率は43.4%となり、5月1日~31日の85.8%、6月1日~11日の80.9%、6月12日〜18日の58.1%と比べると、大幅に回復している。
運休便の利用者には全額払い戻しや振り替え、減便対象便は前後便へ振り替え、希望により別便への変更や払い戻しを案内する。