フィリピン航空は6月から順次、国際線と国内線の運航を再開する。
日本発着路線は6月22日から、東京/羽田〜マニラ線を月・水・金・日曜、大阪/関西〜マニラ線を月・木・日曜、名古屋/中部〜マニラ線を月・金曜(マニラ発木・日曜)に運航する。セブ線の運航再開予定は未定。
その他の国際線は6月中に、ロサンゼルス、サンフランシスコ、ニューヨーク、ホノルル、グアム、バンクーバー、トロント、シンガポール、厦門、ジャカルタ、クアラルンプール、ホーチミン、香港、ドーハ、ドバイ、ダンマン、リヤド、台北など、一部都市への運航を再開する。
フィリピン国内線は6月8日から、バスコ、ラオアグ、レガスピ、プエルト・プリンセサ、バコロド、セブ、ドゥマゲテ、イロイロ、カリボ、カティクラン(ボラカイ島)、ロハス、タクロバン、タグビララン(パングラオ島)、ブトゥアン、コタバト、カガヤン・デ・オロ、ディポログ、ダバオ、ジェネラル・サントス、オザミス、パガディアン、サンボアンガ、15日から、ブスアンガ(コロン島)へのマニラ発着便と、セブ〜ダバオ線の運航を再開する。
フィリピン航空は乗客に対し、マスクやフェイスカバーの持ち込み・着用を呼び掛けている。また、オンラインチェックインを促すとともに、サーモグラフィ検査やソーシャルディスタンス維持など、新型コロナウイルス感染防止対策に要する時間を見込んで、少なくとも国内線では出発3時間前、国際線では4時間前に空港に到着するよう、奨励している。