また、『FANTOM』は外部機器との連携にも優れています。本体には他のアナログ・シンセをコントロールできるCV/GATE端子を装備。『FANTOM』のサウンドと外部シンセの音を重ねて厚みのある音を作ることができます。さらに、MainStageやLogic Pro XなどApple社のソフトウェアとの連携にも対応。たとえば、『FANTOM』のタッチ・スクリーンでソフトウェア音源をコントロールするなど、『FANTOM』を中心にフレキシブルに統合したシステムを構築することができます。
本体のみでプロ・レベルのパフォーマンスを実現する『FANTOM』ですが、外部機器との連携によりさらに可能性を広げることができます。Apple社の音楽ソフトウェアMainStage、Logic Pro X、GarageBandと連携させて、パソコンに触れることなく『FANTOM』のタッチ・スクリーンからソフトウェアのパラメーターを操作することも可能。さらに、『FANTOM』のオーディオ・インターフェース機能を使って本体とソフトウェアの音色を重ねたり、ソフトウェアの音色に『FANTOM』 のアナログ・フィルターの効果を加えることができます。外部機器を本体機能と統合させた、高次元な環境の構築を実現します。