バニラエアは、2016年9月の運航実績を発表した。
搭乗率は、東京/成田〜札幌/千歳・沖縄/那覇・奄美大島線の3路線を運航する国内線は90.4%で前年比1.5%減、東京/成田〜香港・台北/桃園・高雄線と大阪/関西・沖縄/那覇・ホーチミン〜台北/桃園線の6路線を運航する国際線は85.3%で増減なし、国内・国際線をあわせると87.8%で同1.8%増となった。
国内線は就航以来最高の搭乗率となった7月に引き続き、3ヶ月連続で90%台と好調を維持した。国際線は提供座席数は前年比50%以上増加したものの、前年と同率となった。
就航率は台風の影響で8便、整備のため1便が欠航したことから99.2%となった。定刻より15分以内に出発した便の割合を示す定時運航率も台風の影響を受け、80.4%だった。