相模鉄道は、2019年度下期開業予定の相鉄・JR直通線の旅客運賃設定について、国土交通大臣に認可申請を行った。
申請した内容は、相鉄・JR直通線の相鉄線 西谷駅～羽沢横浜国大駅の区間、または、同区間と他の区間とにまたがって乗車する場合の加算運賃についての上限運賃の認可申請。加算運賃の金額は、普通旅客運賃が30円。通勤・通学定期旅客運賃も別に定めた。なお、認可申請から開業までの間に消費税率の引き上げが行われる場合、増税相当額を転嫁する変更認可申請を行う予定。
これにより、羽沢横浜国大駅からの運賃や、相鉄線からのJR線までの運賃が決定することになる。渋谷・新宿・東京駅までの大人片道のIC運賃は、大和駅発が806円、海老名駅発が858円、湘南台駅発が908円（いずれも同額）。なお、小田急線新宿までの大人片道のIC運賃は、大和駅発が453円、海老名駅発が494円、湘南台駅発が535円。
また、JR東日本は、羽沢横浜国大駅からの新たに営業運転を行うJR線区間（鶴見～羽沢横浜国大間：8.8キロ）について、東海道線などと同じく東京の電車特定区間運賃を採用し、羽沢横浜国大駅を特定都区市内制度（横浜市内）を適用する駅に追加し、同区間を東京近郊区間に追加するとした。
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