航空各社は、関西国際空港が閉鎖されている影響で、あす9月5日に関西国際空港を発着する一部便で欠航を決めた。
全日本空輸(ANA)は5日午後5時までに発着する全便の欠航を決めた。日本航空(JAL)も一部便で欠航を決めている。スターフライヤーは1便、ジェットスター・ジャパンは国内線13便、国際線2便の計15便で欠航を決めた。ピーチは台風の影響や台風の影響によるシステム障害のため、国際線6便の欠航を決めた。この他の航空会社も、大半の便で欠航を決めている。
関西エアポートによると、9月4日午後5時現在、台風21号の影響で関西国際空港のA滑走路と駐機場ほぼ全域が、最大で40センチから50センチ冠水している。第1ターミナルの地下従業員用エリアも冠水しているものの、第1ターミナルの旅客が利用するエリアや第2ターミナル、B滑走路には影響は出ていない。2本ある滑走路は正午から閉鎖しており、再開時期は未定だという。正午より鉄道、自動車ともに通行止めとなっている関西国際空港連絡橋はタンカーが衝突し、橋脚への損傷が確認されている。詳細はわかっていない。