5日からの雪の影響で、首都圏の鉄道は一部で運休や遅れが出ているが、JR山手線や東海道線、東京メトロなどは通常運転しており、6日午前6時半現在、大規模な運転の見合わせはない。
JR東日本によると、横浜線は上下線で運転を見合わせており、運転再開は午前7時半ごろを見込んでいる。八高線は八王子―高麗川駅間の上下線で運転を見合わせており、運転再開見込みは立っていない。中央本線は高尾―富士見駅間の上下線で運転を見合わせており、昼ごろからの運転再開を予定している。青梅線は青梅―奥多摩駅間の上下線で運転を見合わせており、午前中の運転再開を予定している。
五日市線は武蔵五日市―武蔵増戸駅間で倒竹の影響で上下線で運転を見合わせており、運転再開見込みは立っていない。上越線は倒木の影響で渋川―水上駅間の上下線で運転を見合わせ、午前9時以降の運転再開を見込んでいる。吾妻線は倒木の影響で渋川―大前駅間の上下線で運転を見合わせ、運転再開見込みは立っていない。
また、特急「富士回遊号」も運転を見合わせ、昼ごろからの運転再開を予定している。