2006年から中須賀克行選手を迎え、2008年、ヤマハにとって初のチャンピオンを獲得すると、2017年までに5連覇を含む7回のチャンピオンに輝き、通算43勝をあげている。
また、スーパーバイク世界選手権では、2009年にベン・スピース選手がヤマハにとって初のチャンピオンを獲得。世界耐久選手権(EWC)では4度のチャンピオンに輝いているほか、EWCの1戦として組み込まれる鈴鹿8耐では、2015〜2017年に3連覇を果たしている。
<「YZF-R1」、全日本等における主な戦績>
2003年 中冨伸一選手とYZF-R1がJSB1000デビュー、ランキング6位獲得
鈴鹿8耐にYZF-R1がデビュー、中冨/吉川組が2位表彰台
2004年 センターアップマフラーを採用した第4世代YZF-R1登場
中冨選手、JSB1000初優勝、ランキング3位獲得
GMT94、初のEWCチャンピオン獲得
2005年 中冨選手、年間2勝、ランキング4位獲得
中須賀克行選手、JSB1000デビュー、ランキング12位獲得
芳賀紀行選手、WSBK初優勝、ランキング3位獲得
2006年 中須賀選手、ランキング9位獲得
2007年 YCC-I(電子制御可変ファンネル)を採用した第5世代YZF-R1登場
中須賀選手が初優勝を含む2勝をあげ、ランキング4位獲得
2008年 ヤマハ・YZF-R1・中須賀選手、初のJSB1000チャンピオン獲得
2009年 クロスプレーン型クランクシャフトを採用した第6世代YZF-R1登場
中須賀選手、JSB1000チャンピオン獲得、2連覇達成
ベン・スピース選手、初のWSBKチャンピオン獲得
YART、初のEWCチャンピオン獲得
2010年 中須賀選手、ランキング4位獲得
2011年 中須賀選手が1勝をあげ、ランキング5位獲得
2012年 トラクションコントロールを採用した第7世代YZF-R1登場
中須賀選手、3度目のJSB1000チャンピオン獲得
GMT94、鈴鹿8耐で3位表彰台獲得
2013年 中須賀選手、JSB1000チャンピオン獲得、2連覇達成
2014年 中須賀選手、JSB1000チャンピオン獲得、3連覇達成
GMT94、2度目のEWCチャンピオン獲得
2015年 オールニューの第8世代YZF-R1&YZF-R1M登場
YAMAHA FACTORY RACING TEAM復活
鈴鹿8耐、19年ぶり通算5回目の優勝
中須賀選手、JSB1000チャンピオン獲得、史上初の4連覇達成
2016年 YAMAHA FACTORY RACING TEAM、鈴鹿8耐2連覇達成
中須賀選手、自身の記録を塗り替えるJSB1000 5連覇達成
2017年 YAMAHA FACTORY RACING TEAM、鈴鹿8耐3連覇達成
GMT94、3度目のEWCチャンピオン獲得
中須賀選手が5勝でランキング6位、野左根航汰選手が2勝でランキング5位獲得