バニラエアは、2016年7月の運航実績を発表した。
搭乗率は、東京/成田〜札幌/千歳・沖縄/那覇・奄美大島線の3路線を運航する国内線は92.6%で前年比5.9%増、東京/成田〜香港・台北/桃園・高雄線と大阪/関西〜台北/桃園線の4路線を運航する国際線は89.7%で同0.3%減、国内・国際線をあわせると91.3%で同3.4%増となった。
国内線の利用は好調で、2013年12月の就航以来、最高の利用率となった。国際線は旅客数の伸びが提供座席数の伸びを下回った。他のLCCなどとの競争激化の影響を受けている。
就航率は天候の影響で10便、整備のため2便が欠航したことから99%となった。定刻より15分以内に出発した便の割合を示す定時運航率も天候の影響を受け、85.3%だった。