バニラエアは、2016年3月の運航実績を発表した。
搭乗率は、東京/成田〜札幌/千歳・沖縄/那覇・奄美大島線の3路線を運航する国内線は89.7%で前年比1.8ポイント減、東京/成田〜香港・台北/桃園・高雄線を運航する国際線は82.4%で同8.1ポイント減で、国内・国際線をあわせると86.0%で同4.9ポイント減となった。座席供給量が国内線で32.6%増、国際線で8.9%増となっているものの、搭乗率が微減に留まった。
就航率は新千歳空港の濃霧の影響で国内線の2便が欠航したため、国内線は99.6%、国際線は100%で計99.8%となった。
定刻より15分以内に出発した便の割合を示す定時運航率は、香港国際空港と桃園国際空港の混雑の影響で、国内線は85.4%、国際線で76%で計80.6%となった。