4月17日、台北/桃園発東京/成田行きバニラエアJW104便で、成田空港到着時に乗客をバスで国際線到着口に案内すべきところ、国内線到着口に案内し、そのまま降車させるトラブルがあった。
JW104便には乗客159名が搭乗しており、バニラエアによると18日午後2時現在、日本国籍38名と外国籍5名の計43名は国内線到着口から入国手続きを行わずに入国した状態のまま、入国手続きが未了となっている。それ以外の乗客は国際線到着口に再度案内し、入国手続きを済ませている。バニラエアなどは、利用者に連絡を取るなどの対応を行っている。
17日のJW104便は、定刻より9分遅れた午後0時45分に台北/桃園を出発。成田空港強風の影響で、午後6時33分に名古屋/中部に着陸して給油後、午後8時20分に東京/成田に向けて再出発。定刻より4時間45分遅れた午後9時45分に東京/成田に到着している。