JR東日本は、台風25号の影響により、9月20日夜から22日早朝にかけて、関東エリアを中心に遅れや運休が発生する可能性があるとしている。
対象となるのは、山手線、上野東京ライン、湘南新宿ライン、相鉄線直通列車、東海道線、京浜東北線、横須賀線、南武線、横浜線、伊東線、相模線、鶴見線、宇都宮線、高崎線、埼京線、川越線、武蔵野線、烏山線、八高線、日光線、中央線快速電車、中央・総武各駅停車、中央本線、五日市線、青梅線、常磐線快速電車、常磐線各駅停車、総武快速線、京葉線。
上越線（高崎〜水上駅間）、信越本線（高崎〜横川駅間）、吾妻線、八高線（高麗川〜高崎駅間）、両毛線は、20日夕方から21日にかけて遅れや運休が発生する場合がある。
常磐線は20日夜から22日午前中、水郡線と水戸線は21日から22日午前中にかけて影響が見込まれる。水郡線と水戸線では代行輸送を行わない。
千葉県内の各線では、21日夕方ごろから最終列車まで運転を取りやめる可能性がある。対象は総武本線（佐倉〜銚子駅間）、内房線（君津〜安房鴨川駅間）、鹿島線（佐原〜鹿島神宮駅間）、外房線（上総一ノ宮〜安房鴨川駅間）、東金線（大網〜成東駅間）、成田線（成田〜銚子駅間）。久留里線（木更津〜上総亀山駅間）は、21日始発から終日運転を見合わせる。
なお、これらの路線について、20日は平常通り運転する予定としている。
特急列車では、成田エクスプレス、富士回遊、わかしお、しおさい、日光、草津・四万、サフィール踊り子が20日夜から22日早朝にかけて、ひたちが20日夜から22日午前中にかけて、遅れや運休が発生する場合がある。
東北エリアでは、大船渡線、釜石線、山田線が20日始発から午後3時ごろまで、21日は午前8時ごろから最終列車まで遅れや運休の可能性がある。東北本線（一ノ関〜盛岡間）と八戸線は21日午前8時ごろから最終列車まで、陸羽東線（小牛田〜鳴子温泉間）は21日午後3時頃から最終列車まで影響が見込まれる。いずれも代行輸送は行わない。
