JR東日本は、大雨の影響により、9月6日夜間から7日にかけて首都圏・東北エリアの広範囲で運休や減便を実施する。
7日は山手線・京浜東北線・中央線快速・中央総武各駅停車・東海道線（東京〜小田原駅間）・横須賀線・総武快速線・宇都宮線・高崎線・埼京線・武蔵野線・京葉線・常磐線・南武線・横浜線・川越線など首都圏の主要路線で終日運転本数を削減する。駅構内の混雑が見込まれるとして、来駅を控えるよう呼びかけている。
終日運転を見合わせるのは、常磐線（日立〜仙台駅間）、水郡線、水戸線（小山〜友部駅間）、烏山線、八高線（寄居〜高麗川駅間）、青梅線（青梅〜奥多摩駅間）、小海線（小淵沢〜中込駅間）、東北本線（黒磯〜新白河駅間、郡山〜岩沼駅間）、磐越西線（郡山〜会津若松駅間）、磐越東線、奥羽本線（山形線）（庭坂〜米沢駅間）、仙山線など。東海道線（小田原〜熱海駅間）は始発から午後7時頃まで、中央本線（高尾〜小淵沢駅間）は始発から午後6時頃まで、東北本線（新白河〜郡山駅間）は始発から午後6時頃まで運転を見合わせる。湘南新宿ラインは始発から午後5時頃まで、相鉄線直通列車は始発から午後3時頃まで運休する。
総武本線（佐倉〜銚子駅間）、外房線（誉田〜安房鴨川駅間）、内房線（君津〜安房鴨川駅間）、成田線、東金線、鹿島線（佐原〜鹿島神宮駅間）は始発から夕方頃まで、久留里線（木更津〜久留里駅間）も始発から夕方頃まで運転を見合わせる。久留里線（久留里〜上総亀山駅間）は終日運休となる。
東北エリアでは、東北本線（仙台〜一ノ関駅間、岩切〜利府駅間）で正午頃から、仙石線（東塩釜〜石巻駅間）・石巻線・気仙沼線で午前9時頃から最終列車まで運転を取りやめる。只見線（会津若松〜大白川駅間）は始発から午後3時頃まで運休する。
特急列車は、6日発の寝台特急「サンライズ瀬戸・出雲」が上下とも全区間で運休。7日は特急「あずさ」13本、「しおさい」9本が全区間で運休するほか、「サフィール踊り子」「スペーシア日光」「草津・四万」も全列車が全区間で運休となる。特急「ひたち」12本もいわき〜勝田駅間で区間運休となる。
6日夜間には伊東線が午後8時頃から、東海道線（小田原〜熱海駅間）・内房線（君津〜安房鴨川駅間）・外房線（誉田〜安房鴨川駅間）も運転を取りやめている。
