全日本空輸（ANA）や日本航空（JAL）、スカイマークなどの航空各社は、まん延防止等重点措置の適用を受け、特別対応を実施している。
ANAは、大阪/伊丹・大阪/関西・大阪/神戸・仙台発着便ですでに特別対応を実施している。加えて、東京/羽田発着便では、4月12日から5月11日までの搭乗分で、沖縄/那覇発着便では4月12日から5月5日までの搭乗分で、無料で変更や払い戻しを行う特別対応を行う。東京/羽田・沖縄/那覇発着便は、10日午前0時以降の操作が対象。
JALも、大阪/伊丹・大阪/関西・大阪/神戸・但馬・仙台発着便ですでに特別対応を実施している。加えて、東京/羽田発着便では、4月12日から5月11日までの搭乗分で、沖縄/那覇発着便では4月12日から5月5日までの搭乗分で、無料で変更や払い戻しを行う特別対応を行う。東京/羽田・沖縄/那覇発着便は、10日午前0時以降の操作が対象。
スカイマークは、大阪/神戸・仙台発着便では、5月5日までの搭乗分において、4月7日以降の操作を対象に特別対応を行っている。加えて、東京/羽田発着便では、4月12日から5月11日までの搭乗分で、沖縄/那覇発着便では4月12日から5月5日までの搭乗分で、無料で変更や払い戻しを行う特別対応を行う。東京/羽田・沖縄/那覇発着便は、10日以降の操作が対象。
エア・ドゥ（AIRDO）、ソラシドエア、スターフライヤー、アイベックスエアラインズ（IBEX）、フジドリームエアラインズ、天草エアラインでも特別対応を行うことを決めている。
特別対応の詳細は、各社のウェブサイトで確認できる。
