JR九州は、一部の在来線特急列車の運休を6月以降も継続する。5月中に実施していた一部の快速・普通列車の運休については、緊急事態宣言の一部解除を受け、6月から通常通り運行する。
6月1日以降も運休を継続する特急列車は、「かもめ」、「みどり」、「ハウステンボス」、「ソニック」、「にちりん」、「きりしま」、「ひゅうが」、「きらめき」、「かいおう」、「ゆふ」号。6月30日まで計2,386本が運休する。また、「ゆふいんの森」、「或る列車」などのD&S列車は全面運休する。あわせて、これらの特急列車とD&S列車については、7月出発分の指定席発売を見合わせる。
今回の運休追加により、運休が始まった3月20日から6月30日までの期間で、新幹線2,903本、在来線特急等9,613本の計12,516本の列車が運休することになる。
なお、5月中に運休していた一部の快速・普通列車については、39県における緊急事態宣言の解除を受けて一定の利用回復が見込まれることから、6月1日からは通常通り運行する。