国土交通省航空局は、航空法第104条1項に基づいて認可した運航規定違反などが判明したことから、航空会社3社への処分を行った。
エアアジア・ジャパンに対しては、3月6日、副操縦士が乗務前のアルコール検査で試験運用中のストロー式検知器ではアルコールが検知されたものの、吹きかけ式検知器では検知されなかったことから、乗務した。しかしながら、会社が定める出発予定時刻の12時間以内の飲酒禁止の規定を違反して飲酒しており、飲酒量や飲酒時間から当時の呼気アルコール濃度を推定した結果、酒気帯び状態で乗務していたという。会社に対しては業務改善勧告、安全統括管理者の職務に関する警告を行い、7月5日までに再発防止策の報告を求めた。副操縦士は航空業務停止60日の処分とした。
バニラエアに対しては、4月8日、試験飛行便に乗務予定の機長と副操縦士が乗務前のアルコール検知器による検査を実施せずに乗務した。その後の検査でアルコールは検知されなかった。会社に対しては厳重注意し、7月5日までに再発防止策の報告を求めた。機長には文書警告、副操縦士には文書注意の行政指導とした。
エアージャパンに対しては、3月15日、当時の副操縦士が乗務前日と当日に飲酒し、乗務前のアルコール検査では、国が定める基準を大きく超過するアルコールが検知された。副操縦士はその後の検査でも虚偽の説明をして、飲酒の事実を隠蔽しようとしていた。当初の副操縦士には航空業務停止90日の行政処分を行った。会社へは4月9日に、文書による業務改善勧告を実施している。
