バニラエアは、格安航空会社(LCC)として初めて、NTTドコモ、KDDI(au)、ソフトバンクの携帯キャリア3社を通じた航空券代金の支払いに対応した。
NTTドコモは「dケータイ払いプラス」、KDDIは「auかんたん決済」、ソフトバンクは「ソフトバンクまとめて支払い・ワイモバイルまとめて支払い」で支払いを行うと、月々の通信料金の支払いと合わせて、一括で支払うことができる。
この他にバニラエアでは、VISA、Master、JCB、Diners、Discober、アメリカン・エキスプレス、UnionPay(銀聯)、コンビニ支払いに対応している。
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