国土交通省航空局は、6月27日、バニラエアに対して業務改善勧告を行った。
6月18日、香港発東京/成田行きの乗客が乗車したバス1台が、本来到着すべき国際線到着口ではなく、国内線到着口に乗客を誘導し、一部の乗客が必要な手続きを経ずに入国していた。バニラエアは6月23日に、再発防止策を国土交通省に提出している。
国土交通省は再発防止策を確実に実施できる体制を整備し、早急に履行することや、バニラエアの責任で、バス運行会社担当者や成田国際空港の警備員が決められた手順を理解し、遵守するよう徹底させること、再発防止策の履行状況を定期的に確認する体制を構築することなどを求めた。