バニラエアは、2016年10月の運航実績を発表した。
搭乗率は、東京/成田〜札幌/千歳・沖縄/那覇・奄美大島線の3路線を運航する国内線は90%で前年比1.5%増、東京/成田〜香港・台北/桃園・高雄線と大阪/関西・沖縄/那覇・ホーチミン〜台北/桃園線の6路線を運航する国際線は82.3%で同1.7%増、国内・国際線をあわせると85.8%で同0.7%増となった。国内線は7月から4ヶ月連続で90%台と好調だった。
就航率は台風の影響で10便が欠航したことから99.1%となった。定刻より15分以内に出発した便の割合を示す定時運航率も台風の影響を受け、84.5%だった。
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