時間経過に伴う細菌相互作用の変化を推定する手法を開発
早稲田大学
本発表の詳細は、早稲田大学のホームページをご覧ください。
https://www.waseda.jp/top/news/73853
■発表のポイント
・これまでの手法は時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定できなかった。
・時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定する手法Umibatoを開発した。
・自然環境の生態系の解明や、近年急速に解明が進んでいるヒト常在菌叢の長期的な変化の追跡において活用が期待される。
■概要
早稲田大学大学院先進理工学研究科後期博士課程3年の細田 至温(ほそだ しおん)氏と、同大理工学術院の浜田 道昭(はまだ みちあき)教授らの研究グループは、時間の経過に伴う細菌相互作用の変化を推定することができる手法Umibato (unsupervised learning-based microbial interaction inference method using Bayesian estimation)を開発しました。
これまで細菌相互作用を推定するために用いられていた手法は、細菌相互作用が時間に伴い変化しないことを前提としていたため、時間の経過に伴い細菌相互作用が変化していることを推定することができませんでした。今回開発した手法により、細菌叢の時系列データ解析においてこれまで見過ごされてきた細菌の関係性の変化を捉えることが可能になります。将来的には、自然環境の生態系の解明や、近年急速に解明が進んでいるヒト常在菌叢の長期的な変化の追跡において活用されることが期待されます。
本研究成果は、2021年7月末に開催される計算生物学のトップの国際会議であるISMB/ECCB2021の口頭発表に受理されました。論文はISMB/ECCB2021の予稿として2021年7月12日(月)(現地時間)に『Bioinformatics』に掲載されました。
■論文情報
雑誌名:Bioinformatics
論文名:Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model
DOI:10.1093/bioinformatics/btab287
ヤンキースタジアムが大谷翔平に大ブーイング!「2番DH」スタメン、第1打席は二ゴロ
うな重が1600円で食べられる専門店オープン!コスパ最強とSNSで話題に
山本由伸にヤンキース監督「獲得を熱望していた」 NYファンはLA選んだヤマモトにブーイング
大谷翔平、頭を抱えてoh my God!コントロールミスのお詫び?観客にサインボール手渡し
井上尚弥、ヤンキースタジアムに来場 ドジャース大谷翔平&山本由伸らに熱視線送る
ドジャース8年ぶりヤンキースタジアム 大谷翔平の打席では歓声とブーイングの異様な盛り上がり
【第11週の虎に翼】花岡が闇市の食べものを一切拒否して栄養失調で死去と聞き、衝撃受ける寅子
米政府高官、数年内に核配備増の可能性言及 ロシア、中国に警告
高級和牛しゃぶしゃぶが食べ放題!熊本県産あか牛も特別価格で食べ放題になるキャンペーン開催中
焼肉が180分間も食べ放題!食べ放題専門店が期間限定で食べ放題時間を延長
何があった!?「エアコン」が想定外の壊れ具合!投稿者に話を聞いた
深田えいみ、ビキニ姿で「じゃーん!Jカップ」報告に「成長中」「まジェーっすか」「重そう」
歌手の門倉有希さん 乳がんのため死去、50歳「6月6日に永眠」所属事務所が発表
橋本環奈すぎと話題呼んだアイドル中川心、動画披露し「無加工でこれはやっぱり本物」と反響の声
柏原崇(45)現在を調べてみた結果、相変わらずかっこよすぎた!
玉置浩二の妻、青田典子(53)の現在がとんでもない事になっていると話題に
元「うたのお兄さん」横山だいすけ「NHK出入り禁止になる」 濱家の直球質問にオロオロ
眞鍋かをりさん、ワイドナショーでド正論を言っただけでマスコミにまで炎上させられる異常事態
水原一平被告がウーバーイーツの配達員に、NYポストが写真公開 食品や日用品を配達
大谷翔平、“怪物”スキーンズから5試合ぶり15号、得意の6月1本目がPNCパークでの初本塁打
何があった!?「エアコン」が想定外の壊れ具合!投稿者に話を聞いた
柏原崇(45)現在を調べてみた結果、相変わらずかっこよすぎた!
玉置浩二の妻、青田典子(53)の現在がとんでもない事になっていると話題に
ユーチューバーもこう氏、元彼女・成海瑠奈について赤裸々告白
元めちゃイケメンバーの三中元克(32)現在は何をしているのか調べてみた!
ガーシーが綾野剛のLINE公開でネット騒然「ショック」「すごいエンタメ」
TikTokを賑わす「フエラムネごめんなサイダー味」がセブンイレブンで再販!じゅるるマスカットも買うなら今!
小倉優子、不自然な“二重ライン”にネット騒然「やっぱり整形?」
岡本夏生(56)、1600日ぶりにブログを更新した現在が衝撃
YouTuberジュキヤの動画企画が大炎上「普通に痴漢」「気持ち悪すぎ」
ヤンキースタジアムが大谷翔平に大ブーイング!「2番DH」スタメン、第1打席は二ゴロ
山本由伸にヤンキース監督「獲得を熱望していた」 NYファンはLA選んだヤマモトにブーイング
うな重が1600円で食べられる専門店オープン!コスパ最強とSNSで話題に
大谷翔平、頭を抱えてoh my God!コントロールミスのお詫び?観客にサインボール手渡し
井上尚弥、ヤンキースタジアムに来場 ドジャース大谷翔平&山本由伸らに熱視線送る
ドジャース8年ぶりヤンキースタジアム 大谷翔平の打席では歓声とブーイングの異様な盛り上がり
【第11週の虎に翼】花岡が闇市の食べものを一切拒否して栄養失調で死去と聞き、衝撃受ける寅子
米政府高官、数年内に核配備増の可能性言及 ロシア、中国に警告
高級和牛しゃぶしゃぶが食べ放題!熊本県産あか牛も特別価格で食べ放題になるキャンペーン開催中
焼肉が180分間も食べ放題!食べ放題専門店が期間限定で食べ放題時間を延長