特定口座（源泉徴収あり）なら原則として確定申告不要
国税庁によると、特定口座で源泉徴収を選択している場合、その口座内で生じた上場株式等の譲渡所得は原則として確定申告不要です。証券会社が利益を計算し、所得税・住民税を源泉徴収します。
したがって、父が40万円の利益を得ていても、その取引が「特定口座（源泉徴収あり）」の中で完結しているなら、通常はその利益を確定申告しない選択ができます。
「税金が引かれているようだ」ではなく年間取引報告書を確認する
確認したいのは、証券口座の種類です。「一般口座」「特定口座（源泉徴収なし）」「特定口座（源泉徴収あり）」では扱いが異なります。年明けに証券会社から交付される特定口座年間取引報告書や、証券会社のWeb画面で源泉徴収区分を確認しましょう。
NISA口座での売却益であれば、そもそも一定の範囲で非課税です。
申告した方が有利になる場合もある
源泉徴収ありの特定口座でも、他の証券会社や口座で株式の譲渡損失がある場合、確定申告をして損益通算できることがあります。また、その年に控除しきれない譲渡損失を翌年以後に繰り越す制度を利用する場合も、確定申告が必要です。
つまり「申告不要」は「申告してはいけない」という意味ではありません。損失がある人は申告によって税負担を抑えられるケースがあります。
年金生活者は、申告すると他制度へ影響する可能性も確認する
株式利益を確定申告するかどうかによって、住民税や国民健康保険料などに影響が出るケースがあります。源泉徴収あり特定口座で申告不要を選べるなら、「税金が戻りそうだから」と安易に申告するのではなく、全体への影響を確認することが大切です。
不明な場合は、証券会社の年間取引報告書を持って税務署や税理士へ相談すると整理しやすいでしょう。
NISA口座の利益なら、そもそも課税されない
父が売却した株がNISA口座で保有していたものであれば、制度の範囲内の売却益は非課税です。この場合、「証券会社で税金が引かれている」という状況とは通常異なります。まず、どの口座で保有していた株なのかを確認しましょう。
複数の証券会社を使っている場合は、口座ごとに源泉徴収の有無や損益が異なることがあります。40万円という利益だけで判断せず、すべての年間取引報告書を並べて確認すると整理しやすくなります。
申告による社会保険・扶養への影響も確認する
高齢者では、確定申告した所得が国民健康保険料や介護保険料などの算定に関係することがあります。また、家族の税扶養など別制度に影響するケースもあります。
源泉徴収ありの特定口座は申告不要を選べるため、損益通算による税還付だけでなく、申告によって他の負担がどう変わるかまで見て判断することが大切です。
まとめ
株で40万円の利益が出ても、特定口座（源泉徴収あり）で税金が徴収されている場合、その口座内の上場株式等の譲渡益は原則として確定申告不要です。ただし、他口座の損失と相殺したい場合や損失を繰り越したい場合は、申告が必要または有利になることがあります。まずは証券会社の年間取引報告書で口座区分を確認しましょう。
出典
国税庁 令和6年分 確定申告書等作成コーナーよくある質問 特定口座（源泉徴収あり）とは
執筆者：FINANCIAL FIELD編集部
ファイナンシャルプランナー
