創薬の過程において、標的タンパク質と化学物質の結合強度は、薬効の目安となることから正確に予測することが求められています。従来、結合強度を予測する方法として、分子内の原子間に働く力をニュートン力学により近似的に算出する分子シミュレーション技術が広く用いられてきましたが、最も重要なパラメーターである結合部分のねじれ度合いの推定精度が低いため、結合強度の推定精度も低くなってしまうことが課題でした。
今回、結合強度の予測値に直結する、化学物質のねじれ度合いについて、ねじれが発生する結合部分だけでなくその近傍の原子の影響まで考慮して推定する、分子シミュレーション技術を開発しました。
190種類の化学物質で、第一原理計算（注2）による正しい結果との誤差を評価したところ、従来技術に比べてねじれ度合いの推定誤差が平均で10分の1以下であることが確認できました。これにより、標的タンパク質と化学物質の結合強度を精度よく推定できるため、IT創薬へ活用することで従来の知見からでは得られない画期的な新薬創出が期待できます。
今後、富士通株式会社が提供する新たなIT創薬サービスにおいて、本技術を搭載する予定です。
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概要：富士通株式会社
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