政府は、日本での検疫の確実な実施を図るため、航空会社に対して日本到着便の旅客数を1日あたり平均約2,000人に抑制することを要請するなど、水際対策を強化している。
位置情報を提示するために必要なアプリなどをインストールできるスマートフォンの所持が必須となる。スマートフォンを持たない人は、入国前に空港内でレンタルする必要がある。費用は入国者負担で、クレジットカードを用意する必要がある。職員によるアプリの確認やレンタルの案内は、3月18日より羽田空港と成田空港第2ターミナルより開始し、順次対象空港を拡大する。
インストールを求められるアプリは、位置情報確認アプリの「OSSMA(旧留学生危機管理システム)」、ビデオ通話アプリの「Skype」、接触確認アプリの「COCOA」の3種類で、「GoogleMaps」などの設定による位置情報の保存も求められる。
3月19日からは、日本への全ての入国者は、出国前72時間以内に実施した新型コロナウイルス検査の陰性証明書の提出が必須となっている。陰性証明書を提出できない場合、検疫法に基づき、日本への上陸が認められず、航空便への搭乗も拒否される。また、政府が指定する検査証明書のフォーマットが改定され、認められる検査方法が追加となっている。
国土交通省は航空会社に対し、乗り継ぎ客を除く、1便あたりの搭乗者数を100名以下とすることを要請している。各国の日本大使館では、航空便の予約が難しくなるケースが想定されていることから、帰国予定者には、航空会社の予約受付状況などに注意するよう促している。