JALグループは1月14日、政府の緊急事態宣言の発令などによる需要動向を鑑み、国内線で1月19日から31日にかけて追加減便、2月1日から28日にかけて減便を実施すると発表した。
1月19日から31日までの追加減便数は36路線372便で、これにより期間中の減便数は5,159便、減便率は47%に拡大した。1月全体の減便数は10,861便、減便率は41%となる。今回の追加減便により、大阪/関西~石垣線、小松~沖縄/那覇線で一部の日に運休となる。
2月1日から28日までの減便数は91路線11,387便で、減便率は48%となる。東京/羽田~秋田・山形線、東京/成田~名古屋/中部・大阪/伊丹線、大阪/伊丹~函館線、大阪/関西~石垣線、札幌/丘珠~三沢線、札幌/千歳~新潟・広島線、福岡~花巻線、鹿児島~松山線、沖縄/那覇~小松・岡山・奄美大島線、では一部の日、東京/成田~札幌/千歳・福岡線、大阪/伊丹~三沢線、札幌/千歳~秋田線、福岡~徳島線はすべての日に運休となる。