マレーシア航空は、国際線全路線をを6月まで運休する。また、7月以降も減便や一部路線の運休を行う。
6月30日以前に購入した航空券については、有効期限が2021年6月30日まで延長される。日程変更の手数料は何度でも無料となっている。有効期限延長と日程変更の手続きは12月31日までに済ませるよう呼び掛けている。また、目的地の変更も可能となっている。なお、変更後の運賃が元の航空券より高い場合は、差額を支払う必要がある。
同社では、運航を再開する7月1日以降のフライトスケジュールも発表しており、日本路線では、東京/成田~クアラルンプール線で7月に18往復、8月に18往復、9月に21往復、10月1日~24日に18往復、大阪/関西~クアラルンプール線で7月に18往復、8月に17.5往復、9月に21往復、10月1~24日に17.5往復を運航する予定となっている。東京/成田~コタキナバル線については運航予定が発表されていない。
運休期間中も要請があれば、緊急援助や帰国便を運航する。