JR四国は、9月8日から10月27日までの土日祝日に、JR予讃線で「サイクルトレインしまなみ号」を運行する。
列車は日によって松山行きの「サイクルトレイン松山しまなみ号」と西条行きの「サイクルトレイン西条しまなみ号」を運行し、しまなみ海道の最寄りである波止場駅か今治駅から乗車できる。定員は30名で事前予約制となっており、満席でなければ当日の参加も可能となっている。
旅行代金は、松山駅から今治駅までの利用で大人1,000円。サイクルトレインしまなみ号の利用者特典として、しまなみ海道周辺の一部飲食店をはじめ、クルーズや観潮船の割引などが適用される。