セブパシフィック航空は、国際航空輸送協会(IATA)の国際安全監査プログラム「IOSA(IATA Operational Safety Audit)」の認証を取得した。
これによりセブパシフィック航空は、航空安全性に関する最も厳格な国際基準に厳格に準拠した航空会社として認められたことになる。IOSAは、900以上の運航、運航管理、整備、客室、地上業務、貨物、保安における分野で、国際法令や安全上の要求事項に基づいて、安全監査基準を設定している。認証の取得はIATAへの加盟条件でもあり、更新は2年ごとに行われる。現在のところ、セブパシフィック航空はIATA加盟航空会社ではない。
セブパシフィック航空では、全エアバス機に滑走路オーバーラン防止システム(ROPS)、広域航法(RNAV)データ、疲労リスク管理システムなどへ投資を行っていた。