バニラエアは、ウェブサイトでのアメリカン・エキスプレスでの決済への対応開始を、当初の3月末から5月に延期した。
すでに、従来利用できたVisa、マスター、JCBに加え、ダイナース、ディスカバー、銀聯カード(UnionPay)での決済に対応する。香港では香港ではAlipayの利用も可能となる。台湾とフィリピンでは銀聯カード、ベトナムではアメリカン・エキスプレス以外の全てに対応しない。
バニラエアは、2016年11月よりスクートとシステム連携を開始。両社の航空券がワンストップで購入できるようになっている。