11月27日、札幌/千歳発東京/羽田行きのスカイマーク726便(乗客174名)に、隣のスポットで搭乗中の神戸行きスカイマーク178便(乗客172名)の乗客1名が搭乗していたことがわかった。
スカイマークによると、間違えて搭乗した乗客はSKY178便の最後の搭乗客で焦っている様子だったといい、搭乗ゲート通過後に隣のゲートのSKY726便に搭乗してしまったとみられるという。搭乗後に自分の席であるはずの場所に他の人がいることを客室乗務員に申告したため、客室乗務員が最後尾に誘導し、目的地が違うことに気づいたため降機させた。両便は隣同士のゲートで同時に搭乗を行っており、何らかの形で隙間から隣のゲートに搭乗してしまったのではないかとしている。
SKY726便は定刻より8分遅れの午後7時18分に18番ゲートを出発し、東京/羽田には定刻より18分遅れの午後9時13分に到着、SKY178便は定刻より12分遅れの午後7時12分に17番ゲートを出発し、神戸には定刻より32分遅れの午後9時37分に到着している。
新千歳空港では、8月5日にエア・ドゥ便の搭乗客の女性が保安検査場をすり抜け搭乗し、制限エリアにいた乗客全てが保安検査を再度実施するトラブルが発生。9月20日には福岡空港で、全日空(ANA)機に搭乗手続きを済ませていない乗客が搭乗し、定員超過で出発させるトラブルを起こしている。国土交通省航空局はANAに対して厳重注意を行い、再発防止を指示。ANAは12月より、国内線の保安検査場で「保安検査証」、搭乗時には「ご搭乗案内」の2枚の用紙を発行することで、同様のトラブルを未然に防ぐとしていた。
スカイマークでは、不審人物ではなく、ドアを閉める前に発覚し、降機させたため国土交通省への報告事案には当たらないとしている。