別巻Ⅱでは、清沢満之の講義録、論考7本、書簡18通、および「The Skeleton of a Philosophy of Religion.(草稿)」を収めています。講義録は、祐誓寺所蔵の住田による筆記本「論理学講義」・「心理学講義」、および本学第11代学長・関根仁応の所属寺院(新発田市 真宗大谷派長徳寺)に所蔵されていた筆記本「哲学史」「近代史」「今世哲学史」を翻刻し、収録しています。
今回新たに収録される7本の論考、「開化ト心理」「学問ト宗教トノ関係」「啓成ノ原基」「転化の観念」「精神的三要」「無上大法」「世界の進み(二)」は、明治23年から27年にかけて発表されました。 「The Skeleton of a Philosophy of Religion. (草稿)」は、明治25年に刊行された満之の著書『宗教哲学骸骨』を野口善四郎が一度英訳したものを基に、清沢自身が新たに訳した際の推敲を記した草稿であり、清沢満之の所属寺院(碧南市 真宗大谷派西方寺)に所蔵されていた自筆原稿を翻刻し、収録しています。 なお別巻Ⅱにつきましては、藤田正勝京都大学名誉教授による別巻Ⅰ・Ⅱを通した解説を収録しています。