ふるさと納税「8万円分」をワンストップ特例申請済み。今年は医療費が「30万円」かかったので医療費控除のために確定申告したいのですが、寄付金「8万円分」の控除はなくなりますか？
ワンストップ特例を申請している人が医療費控除を使うとどうなる？
ワンストップ特例は、もともと確定申告や住民税申告をする必要のない給与所得者などがふるさと納税で5自治体以内へ寄付をした場合に、事前に申請をしておくと確定申告が不要になる制度です。ただし、ワンストップ特例を申請している人が確定申告をした場合、ワンストップ特例の申請自体が無効になります。
医療費控除は確定申告で申告するため、医療費控除を使いたい場合、ワンストップ特例は利用できません。ただし、確定申告をしたことで、ふるさと納税による寄付金控除自体が消えるわけではありません。確定申告時に併せて申告すれば、控除は受けられます。
確定申告時にはそれぞれの控除を計算する必要がある
医療費控除と寄付金控除の両方を適用する場合は、それぞれに必要な金額を確定申告へ反映させることが大切です。泉佐野市によると、ふるさと納税による寄付金控除の金額は、医療費控除によって変動する場合があるとしているため、先に医療費控除を計算するようにしましょう。
医療費控除の計算方法
医療費控除は、納税者本人が1月1日〜12月31日の間に自分、もしくは配偶者や親族のために支払った医療費が、一定額を超える場合に適用される所得控除です。
国税庁によると、医療費控除額は「実際に負担した医療費－保険金などによる補填金額－10万円（その年の総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等×5％）」で求められます。
例えば、その年の総所得金額等が200万円以上で、支払った医療費が30万円、保険等による補填がなかったとします。この場合、医療費控除額は「30万円－10万円」で20万円です。
ただし、医療費控除は所得控除の1つです。所得控除を利用した後の所得金額で精算されるため、20万円全額が戻ってくるわけではないことを理解しておきましょう。
ふるさと納税の寄付金控除の計算方法
総務省によると、ふるさと納税の寄付金控除額は次の方法で求められます。
・所得税控除分：（ふるさと納税額－2000円）×所得税率
・住民税控除分（基本分）：（ふるさと納税額－2000円）×10％
・住民税控除分（特例分）：（ふるさと納税額－2000円）×（100％－10％－所得税の税率）
ただし、特例分の計算結果が住民税所得割額の2割を超える場合は、特例分の金額は住民税所得割額の2割までです。この場合、実質的な負担分は2000円を超える場合があります。
医療費控除で寄付金控除額が変動する可能性があるのもこのためです。
所得税率や住民税の所得割分は、各所得控除を差し引いた課税所得を基に計算されます。医療費控除があると所得控除が増え、課税所得が少なくなります。その結果、所得税率や住民税所得割額が少なくなり、結果として寄付金控除額の上限も少なくなる仕組みです。
8万円のふるさと納税についてワンストップ特例を申請していた場合でも、医療費控除の適用により控除できる金額が減少する可能性があります。医療費控除の適用後も上限を超えていなければ、ふるさと納税の自己負担分は2000円のままです。
なお、税金の計算が深くかかわるため、実際の寄付金控除額や、上限額の計算は難しくなります。ふるさと納税ポータルサイトのシミュレーションを利用したり、自治体が対応可能であれば問い合わせたりすることも検討しましょう。
医療費控除を適用しても寄付金控除が消えるわけではない
ワンストップ特例を申請していた人が医療費控除も適用した場合、ワンストップ特例は無効になります。ただし、申請が無効になるだけで、ふるさと納税で寄付したことによる控除自体は消えません。確定申告で寄付金控除を申請することで適用されます。
確定申告時には、医療費控除、寄付金控除のそれぞれの計算が必要です。医療費控除の金額によっては、寄付金控除の上限額が変動する場合があるため留意しましょう。
出典
国税庁 令和7年分確定申告特集 ふるさと納税をされた方へ 「ふるさと納税ワンストップ特例」の申請書を提出された方へ
国税庁 東京国税局 「ふるさと納税ワンストップ特例」の申請書を提出された方
大阪府泉佐野市 ふるさと納税事務局 泉佐野市ふるさと納税特設サイトさのちょく ふるさと納税完全ガイド ふるさと納税と医療費控除は併用できる？限度額のシミュレーションと確定申告のやり方
国税庁 タックスアンサー（よくある税の質問） No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）
総務省 ふるさと納税ポータルサイト ふるさと納税のしくみ 税金の控除について
執筆者：FINANCIAL FIELD編集部
ファイナンシャルプランナー