バニラエアは2018年3月25日搭乗分より、2列目から5列目までの座席を「アップフロントシート」に設定する。
現在は1列目と非常口座席の12列目、14列目の18席を「リラックスシート」、それ以外は「スタンダードシート」として販売している。
座席指定料金は運賃により異なっており、スタンダードシートは「コミコミバニラ」では無料、「シンプルバニラ」「わくわくバニラ」では路線により500円から1,400円に設定している。リラックスシートは運賃に関わらず路線により1,000円から2,400円に設定している。
新たに設定するアップフロントシートは、国内線は600円、国際線は1,000円に設定する。コミコミバニラでは従来通り無料で指定できる。